在分析电商企业的“自建物流第三方物流”配送模式的基础上，对自建物流成本和第三方物流成本分别展开研究，并在自建物流成本中设计了软时间窗惩罚函数。建立了基于第三方带软时间窗约束的车辆路径模型，设计了基于自然数序列的改进遗传算法对模型进行求解，改进交叉与变异操作来保护优秀基因，提出了种群扩张机制。最后，算例结果表明模型可以有效减少物流配送成本，提高配送效率，改进遗传算法还在提高计算时间方面有显著的成效。