针对面向载波聚合的滤波器组多载波（filterbankmulticarrier，FBMC）系统中所存在的多频偏问题，提出一种适用于该系统的多频偏联合估计方法。根据FBMC系统符号重叠特性，每个分量载波上均采用训练序列构造周期性输出信号区间，依据多重信号特征分解理论，对输出信号区间协方差矩阵进行特征分解，通过构造频偏谱函数并进行峰值搜索得到多个频偏估计值，结合互相关函数完成多个频偏估计值分配过程。仿真结果表明，采用所提算法总体上可以将频偏估计的均方根误差控制在10-3左右。因此，该算法可以有效解决面向载波聚合的FBMC系统多频偏估计问题。