在已知microRNA(miRNA)较少的情况下，为了提高算法预测的准确性，提出一种基于流形排序的miRNA预测算法。该算法采用加权图模型描述序列，使用置信传播分配排序分数，降低了算法的时间复杂度；算法根据大规模数据内部全局流形结构进行排序，提高了排序结果的准确性。在人类和按蚊全基因组范围内的实验证明，流形排序算法的预测效果优于传统的预测方法，可以作为预测miRNA的一个有效工具。