为了避免传统序列密码算法中出现的生成序列密码重码率高和容易陷入局部最优解等缺点，提出了一种基于多目标差分演化的序列密码算法（DEMOSEP）。该算法将用于评价序列随机性的三个指标——频数检验、序列检验和游程检验作为优化的三个目标函数，同时利用差分演化算法的高效且全局搜索能力的操作算子，并融合快速非支配排序和基于拥挤距离的选择机制，智能地演化出满足这三个指标的序列密码。实验结果表明，利用该算法产生的序列密码能够较好地通过各项随机性检验，相比传统演化算法生成的序列，具有更高的随机性和安全性，并具有一定的实用性。