针对传统航迹起始方法不能有效起始临近空间高超声速目标航迹的问题,提出了一种基于自适应波门的航迹起始方法。在分析临近空间高超声速目标运动特点的基础上,建立专门针对临近空间高超声速目标的扇形波门、椭圆形波门和部分圆环形波门,当扇形波门内无有效量测时,根据目标前一时刻的位置和速度信息建立椭圆形波门。如果椭圆形波门内无有效量测,则假设目标在前一时刻或是更早时刻以最大机动水平改变原运动模式,据此假设来建立部分圆环形波门,确保目标真实量测落入波门,并采用模糊决策方法起始目标航迹。仿真结果表明,新方法能够对临近空间高超声速目标进行有效航迹起始,提高了正确航迹起始概率,具有一定工程实践意