针对传统蛋白质模型质量评估没有考虑同源信息的问题，提出了一种基于LS-SVM评估蛋白质模型质量的方法。综合模拟退火（simulatedannealing，SA）算法跳出局部最优解和粒子群（particleswarmoptimization，PSO）算法收敛速度快的特点，提出了模拟退火粒子群（SAPSO）算法。利用SAPSO算法来优化LS-SVM参数C和γ，最后得到最优模型来评估蛋白质模型质量。实验结果表明，经SAPSO优化LS-SVM参数所得到的模型评估预测误差较小，且预测值更稳定。