混杂系统是近年来研究的热点，针对混杂系统故障诊断难题，在对混杂系统描述的基础上，给出了混杂系统状态估计及离散模态识别的强跟踪滤波器算法，并将该算法扩展到状态与参数的联合估计，最后利用修正的Bayes算法作出故障判决，实现了混杂系统的故障诊断。通过对两容水箱典型混杂系统故障诊断的仿真实验，验证了该方法的有效性。