图像配准的关键是要找到配准的水平位移、竖直位移和旋转角度三个参数。遗传算法将这三个参数统一编码，配准时变异是按单一参数变异操作，这样会导致三个参数变异的概率不均匀，出现过变异和欠变异的问题，且容易陷入局部极值。针对此问题提出多参数独立编码、独立分段变异的遗传算法搜寻最优参数，之后用得到的配准参数进行图像配准。仿真实验表明，与常见的单一编码遗传算法相比，分段编码、分段变异算法使各个参数变异概率均匀，搜索的准确率更高，速度更快。