针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入一定比例的在线比对工具MAFFT优质种子,优化初始种群的整体质量.通过数值模拟实例结果显示,经过这两个优化处理可以生成更高质量的初始种群,得到更好的比对结果,提高多序列比对的计算效率.