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结晶用蛋白质样品的制备进展,王玺凯,尹大川,制备高质量蛋白质晶体是通过X射线衍射解析蛋白质分子三维结构的关键环节,是结构生物学领域中的瓶颈问题之一。蛋白质的结晶受多�
本篇论文介绍了GPU集群+openMP+MPI编程,应用于分子场的模拟当中,很先进,不过细节讲得不是很清楚~
为了改善已有二维HP模型蛋白质折叠算法容易陷入局部最优、找不到理论最低能量构象的缺点,提出一种基于变异算子的改进二进制量子粒子群算法。采用二进制编码蛋白质序列,提出变异策略,并采用惩罚因子避免出现蛋白
提出一种新的解决几何约束系统的构造求解方法。这是一种基于簇改写的求解器,新的解决方法扩展了可被解决的问题的种类,保持了簇改写方法的优点。相比先前的簇改写求解器只确定了刚性簇以及两种非刚性簇,也就是有着
基于潜在语义分析和层次聚类的蛋白质远程同源检测,胡杨,王亚东,蛋白质远程同源检测是计算生物学中一个中心的问题。诸如支持向量机一类的分类器方法是目前使用最广泛、也是最有效的方法之一。许
针对传统基于机器学习方法在蛋白质互作用信息抽取中的缺陷,提出融合浅层句法分析的信息抽取方法,该方法将候选的句子进行浅层句法分析,包括对短语切分、同位语分析、并列结构分析、句子切分的处理。经过该步骤,句
利用一种新的核方法即核最近邻算法预测蛋白质相互作用,算法新颖、简洁,容易实现。实验结果表明,核最近邻算法的预测效果优于传统的最近邻算法及其他已有的预测方法,可以作为蛋白质相互作用预测的一个有效工具。
针对生物文献库中人工标注样本数量缺乏的问题,提出一种半监督类型的基于联合训练的方法。在样本预处理的基础上,基于词特征的机器学习方法和基于模式学习的方法选择样本的不同特征子集,并被合成到联合训练方法中;
与静态PPI网络相比,动态PPI网络更能体现蛋白质之间相互作用的真实情况,并有效降低PPI网络中的假阴性。现有的关键蛋白质预测方法主要应用在静态PPI网络,忽视了PPI网络的动态特性。为有效预测关键蛋
在蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络中检测蛋白质功能模块有助于预测未知蛋白质的功能模块。随着蛋白质相互作用有效数据迅速增长,如何通过PPI网络获得有效
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