针对存在3D场景遮挡的航拍视频运动小目标跟踪问题，提出一种基于多视角航拍配准的运动小目标检测和跟踪算法。该算法首先对图像序列间隔采样，利用Harris检测器提取全局特征点，通过Delaunay三角网对待配准图像实现初始匹配，然后利用整合变换模型计算差分图像，并利用累积能量检测出目标，最后通过卡尔曼运动滤波消除运动目标跟踪的抖动。实验结果表明，该算法对城市和郊区场景的航拍视频可以检测出最小30个像素的缓慢运动目标。