分析讨论了分子动力学模拟的算法特征和计算特点，对串行程序作了优化，并使之适合于作并行化。对模拟体系使用区域分解的方法，在计算节点间保留了部分重叠区域，采用基于消息传递的MPI设计平台，在可扩展机群上实现了并行化，获得了90%以上的并行效率。