马尔可夫状态模型的构建与验证 该存储库显示了一个简单的马尔可夫状态模型的演示。 尽管该项目本身保持相当通用,但这里研究的系统是受生物物理学启发的。 这里涵盖的问题是粒子在双势势中的一维运动,如下所示。 然后将系统分为两个核心状态“左”和“右”: 然后,根据这样定义的状态是否产生有效的马尔可夫状态模型(MSM),对这两个状态的动力学进行了研究。 代码本身包含在这两个文件MSM_simulation.py和plotting_functions.py ,而结果可在jupyter笔记本中可以看出markov_state_model.ipynb 。 笔记本包含一些乳胶方程,在github上打开时