天鹰座:基于链接阅读的二倍体个人基因组组装和全面变异检测源码

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:milky_way: 天鹰座 :eagle: 通过Bioconda安装(最新版本1.0.0): conda install aquila (在安装之前,请确保已为Bioconda正确设置) Aquila_step1 --help Aquila_step2 --help Aquila_clean --help Aquila_step1_multilibs --help Aquila_assembly_based_variants_call --help Aquila_phasing_all_variants --help Aquila_step0_sortbam --help Aquila

文件列表

Aquila-master.zip (预估有个57文件)

Aquila-master

Assembly_based_variants_call

README.md 4KB

README.md 15KB

bin

Run_phase_alg_multithreads2_GenRef.py 2KB

Run_spades_final_MT_2_all_noec_deltemp.py 5KB

Extract_INS_allregions.py 10KB

Extract_qname_from_phased_molecule_cut_phase_blocks_v3.py 4KB

Extract_SV_info_from_contigs_use_overlap_for_del_forcontiginfo.py 15KB

Run_microcontigs_all.py 2KB

Make_supercontig_based_on_HCbk_from_sam_v5.py 9KB

Extract_SV_info_from_contigs_use_shift_for_ins2_forcontiginfo.py 15KB

Merge_reads_for_PB_of_merged_libs_v2.py 2KB

Aquila_Umap.ipynb 12KB

Run_phase_alg_multithreads2.py 2KB

Aquila_step1_multilibs.py 15KB

Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2_hybrid.py 33KB

Aquila_step2.py 5KB

Aquila_step0_sortbam.py 2KB

Aquila_phasing_all_variants.py 25KB

Run_h5_all_multithreads_GenRef.py 27KB

Run_extract_reads_for_smallchunks_all_lessmem.py 4KB

Aquila_step0_sortbam_multilibs.py 3KB

Aquila_assembly_based_variants_call.py 12KB

Assign_phase_block_v3.py 13KB

Aquila_clean.py 3KB

Run_h5_all_multithreads.py 25KB

Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2_GenRef.py 34KB

Aquila_Contigs_WGS.py 1KB

Run_extract_reads_for_smallchunks_all_lessmem_hybrid.py 5KB

Extract_DEL_allregions.py 10KB

Concatenate_contigs_all_v4_extend_for_HCbk.py 3KB

Get_uniqnessmap_for_Aquila.py 2KB

Cut_phaseblock_for_phased_h5_v4.0_highconf_v2.py 11KB

Extract_SNV_info_from_contigs_forcontiginfo_forall.py 15KB

Concatenate_contigs_from_microcontigs.py 3KB

SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz 14.42MB

Read_fastqs_from_sortedbam_v2.py 5KB

Aquila_step1.py 7KB

Generate_highconf_cut_profile_v2.py 7KB

paftools

paftools.js 79KB

Run_phase_alg_multithreads2_hybrid.py 2KB

Assign_phase_block_v4.py 16KB

Aquila_step1_GenRef.py 8KB

Molecule_phase_alg2_withProbModel_v3_MT2.py 33KB

k8-0.2.4

k8-Linux 4.73MB

README.md 7KB

khash.h 21KB

k8-Darwin 4.59MB

k8.cc 30KB

k8.js 18KB

Extract_qname_from_phased_molecule_cut_phase_blocks_v3_hybrid.py 4KB

LICENSE 1KB

ReadMe_Step1_GenRef.md 864B

install.sh 957B

src

submit_step1.sbatch 1KB

How_to_get_uniqmap_folder.md 3KB

How_to_get_bam_and_vcf.md 780B

multiple_nodes.sh 1KB

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