出版物:已发表论文中使用的脚本源码

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已发表论文(和UCSC跟踪中心)中使用的脚本

文件列表

Publications-master.zip (预估有个72文件)

Publications-master

Wade_FrontMolNeurosci_2019

LICENSE 34KB

README.md 4KB

Gompers_NatNeuro_2017

2. Gene Network Analysis

Gompers_NatureNeuro_WGCNA.R 4KB

README.md 86B

1. Differential Gene Expression

Gompers_NatureNeuro_RNA-seq_Alignment.sh 3KB

README.md 86B

Gompers_NatureNeuro_DE-GO-GSEA.R 5KB

4. Isoform Analysis

Gompers_NatureNeuro_MISO.sh 3KB

README.md 87B

LICENSE 34KB

README.md 3KB

3. ChIP-seq

hiddenDomains.sbatch 1KB

FASTQC_post.sbatch 1KB

MACS_sple.sbatch 7KB

Gene_Annotator.pl 6KB

ChIPQC.R 1KB

Homer.sbatch 2KB

trim_galore.pl 63KB

ChIPseq_wrapper.pl 48KB

ChIPQC.README 766B

BWA.sbatch 3KB

bamCompare.sbatch 3KB

FASTQC.sbatch 967B

README.md 457B

Homer_annot.sbatch 2KB

MACS_diff.sbatch 5KB

ChIPQC.sbatch 430B

MACS_exp.sbatch 4KB

bamCoverage.sbatch 3KB

PeakAnnotator.sbatch 1KB

BWA_PE.sbatch 4KB

Darbandi_Cell_2018

LICENSE 34KB

README.md 993B

Lindtner_Cell_2019

LICENSE 34KB

README.md 1KB

Nord_BMC_Genomics_2011

CNV_Tutorial

Scripts

DoC_parameters.R 6KB

DoC_functions.R 120KB

ReadMe.txt 13KB

Input

baitcoverage.bed 119KB

knowncnvs.csv 23B

SampleInformation.csv 207B

Platform_partitionInformation.csv 149B

coverage

11_PTEN.depth 2.06MB

8_PTEN.depth 2.06MB

10_PTEN.depth 2.06MB

12_CDH1.depth 1.83MB

1_PTEN.depth 2.05MB

9_CDH1.depth 1.82MB

5_PTEN.depth 2.05MB

5_CDH1.depth 1.82MB

2_CDH1.depth 1.82MB

8_CDH1.depth 1.83MB

3_CDH1.depth 1.82MB

1_CDH1.depth 1.82MB

9_PTEN.depth 2.06MB

11_CDH1.depth 1.83MB

12_PTEN.depth 2.06MB

6_CDH1.depth 1.82MB

3_PTEN.depth 2.05MB

2_PTEN.depth 2.06MB

4_CDH1.depth 1.82MB

4_PTEN.depth 2.06MB

10_CDH1.depth 1.83MB

7_PTEN.depth 2.06MB

7_CDH1.depth 1.83MB

6_PTEN.depth 2.06MB

Scripts

DoC_parameters.R 6KB

DoC_functions.R 120KB

README.md 14KB

Accurate and exact CNV identification from targeted high-throughput sequence data.pdf 1.84MB

README.md 749B

Canales_eLife_2021

Readme.md 766B

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