CNN预测TMB 源码
CNN预测TMB tsv文件用来计算TMB值(R脚本)膀胱癌——BLCA结肠癌——COAD直肠癌-阅读肝癌——LIHC四个文件夹分别为膀胱癌,结肠癌,肝癌和直肠癌代码,代码实体基本一致,仅文件读取。存储地址部分需要修改。其他内容可参考代码注释。运行顺序为 筛选器:筛选病理图像,保证每个病例都有对应的基因数据可以计算TMB值 tmb_threshold:R脚本根据tsv文件的基因数据计算每个案例的TMB值,根据折线回归法选取TMB阈值 splitDataset:根据上一步计算的阈值将所有病例分为高低TMB(标签),注意只挑选20倍放大的病灶区切图数据 splitTrainV:将数据分为训练集,
文件列表
CNN-predict-TMB-master.zip
(预估有个61文件)
CNN-predict-TMB-master
TCGA-COAD.muse_snv.tsv
19.93MB
TCGA-LUSC.muse_snv.tsv
15.26MB
TCGA-READ.muse_snv.tsv
5.06MB
TCGA-LUAD.muse_snv.tsv
16.55MB
liver
1.filter.py
966B
2.tmb_threshold.R
2KB
4.splitTrainV.py
7KB
predict.py
2KB
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