maxbin2_checkm_slurm_illumina Slurm工作流程,用于DSMZ中的元基因组合并。此脚本依赖于Slurm调度程序来协调计算机资源。它汇集了几种生物信息学工具,并且在中间增加了重要的一步:过滤引物二聚体(“鲤鱼”序列)。 先决条件 饮 镰刀 梅加希特 Maxbin2 领结2 Samtools MetaBat2 编造 Checkm DAS工具 所有特定于管道的工具都已经安装在DSMZ的“合并”环境中。要使用合并环境。在您的〜/ .condarc中添加以下两行 envs_dirs: - /opt/hpcopt/sixing/anaconda3/envs 您可能需要重新启动终端才能继续。 然后测试环境是否可用,通过在终端中发出以下命令来激活“ binning”环境 conda activate binning 正在安装 请编译并将其添加到路径中。 脚本无需安