smallRNA polymRNA:小RNA和多核糖体测序数据的处理和分析 源码
smallRNA-多核糖体序列 用于处理和分析小RNA和多核糖体测序数据的脚本。 使用WBcel235进行注释。 依存关系 fastQC(v0.11.9) cutadapt(v2.10) 领结2(v2.3.4.3) samtools(v1.11) miRDeep2(v2.0.1.2) FeatureCounts(Subread,v2.0.0) edgeR(v3.11) 生物基质(v2.46.0) HISAT2(v2.10) 管道 小RNA序列 秀丽隐杆线虫基因组注释: C.elegans.WBCel235.96.gtf.gz 秀丽隐杆线虫参考基因组: : 成熟的秀丽隐杆线虫miRNA: : cel fastQC(1).sh :读取质量的初步评估 cutadapt(1).sh :删除序列适配器 fastQC(1).sh :评估适配器移除后的读取质量 bowtie2.
文件列表
smallRNA-polymRNA-main.zip
(预估有个19文件)
smallRNA-polymRNA-main
featureCounts_annotation(2).R
1KB
cutadapt(2).sh
2KB
sam_to_bam(1).sh
1KB
README.md
2KB
cutadapt(1).sh
2KB
fastQC(1).sh
1KB
filter_pairs.sh
633B
C.elegans.WBcel235.96.gtf.gz
8.84MB
featureCounts_annotation(1).R
2KB
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