评价中医药方剂的相似度的常用方法是基于方剂的功效和主治功能进行相似度分析,但存在相似度无法定量化的问题,并且没有考虑中医方剂组成成分的影响。提出了利用LDA主题模型发掘"方剂—证型—组成成分"的隐含关系的方法,将"方剂—组成成分"转换成"方剂—证型"和"证型—组成成分"两个概率分布,并利用KL距离来计算相似度。实验结果表明基于LDA主题模型的方法能够更好地计算方剂间的相似度,并且能较好地反映中医辩证论治。