ISDTool 2.0:用于预测逆转录病毒免疫抑制域的计算模型

免疫抑制域(ISD)是逆转录病毒包膜基因(env)中跨膜蛋白(TM)的保守区域。 在体外和体内,与ISD具有同源性的合成肽(CKS-17)抑制免疫功能。 有证据表明,ISD可抑制淋巴细胞增殖,并使其逃避小鼠免疫系统中先天性和适应性臂的免疫效应子。 以前,我们已经开发了一种工具ISDTool 1.0来识别人类内源性逆转录病毒(HERV)的ISD。 但是,还存在其他几种重要的逆转录病毒,到目前为止,尚无方法专门用于ISD对其进行预测。 在本文中,提出了一种计算模型来识别来自三个物种的六种典型逆转录病毒的ISD。 该模型将最小冗余最大相关性(mRMR)特征选择标准与加权极限学习机(WELM)结合在一起,使用自洽,5倍和10倍交叉的高识别准确率达到98.95%,96.34%和96.87%。验证。 已经开发了一种名为ISDTool 2.0的软件工具,以促进该模型的应用,并预测了六种逆转录病毒的大量新推定的ISD。 此外,分析了这些逆转录病毒中ISD的基序,并讨论了进化关系。 本文涉及的数据集和软件可从http://sourceforge.net/projects/isdtool/files/IS