ecc_workflow 该分析采用皮埃尔·茹贝尔的工具,修改后的版本调用eccDNAs在稻栽培的小圆圈-seq的实验。 Nipponbare。 未经处理的植物(标记为RC,3个生物代表) 每个生物学代表3个技术代表 受感染的植物(标记为IF,3个生物学代表) 每个生物学代表3个技术代表 准备数据 首先,您需要将所有fastq.gz文件移动到raw_data/ 。 bin/units.tsv解释了所需文件的名称和条件。 欢迎您与其他示例一起运行此工作流程,但是您需要编辑bin/units.tsv以匹配您的inpt数据。 如果要更改分析中使用的组蛋白标记数据集,则需要在Snakefile重新编写必要的规则,因为当前已对该部分进行了硬编码,以确保此分析的可重复性。 设定Snakemake 该项目旨在将克隆萨维奥,加州大学伯克利分校HPC,并使用通过jobscripts通过自动写入S