对准器 源码
对准器 跑 生成可执行文件 $ g++-10 main.cpp -o hewill -pthread -ltbb -std=c++20 -O3 biomodern/ssw.cpp -Wno-ignored-attributes 索引(仅支持未压缩的hs37d5.fa, ) $ ./hewill index /mnt/fa/hs37d5.fa 对齐(仅支持未压缩的fastq) // fa_path fq1_path fq2_path sam_prefix sample_name(SM) read_group(RGID) thread_num $ ./hewill align /mnt/fa/hs37d5.fa /mnt/fq/HG001.1.fq /mnt/fq/HG001.2.fq /mnt/sam/HG001 HG001 1 80 表现 与 : 重要的 该比对器在以下测序特性上进行了
文件列表
aligner-master.zip
(预估有个43文件)
aligner-master
biomodern
hs37d5.hpp
4KB
fm_index.hpp
9KB
serializer.hpp
2KB
cigar.hpp
4KB
mapq.hpp
3KB
ssw.h
9KB
sam.hpp
3KB
istring.hpp
3KB
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