sc自动编码 Simon Streib的学生实习,以减少单细胞数据 目的是使用自动编码器来减少维数或单核细胞转录组数据,然后将结果与基线(例如PCA,ICA,LSA,t-SNE,UMAP)进行比较。 使用了不同的自动编码器,分别称为BCA(基本计数自动编码器),DCA(降噪计数自动编码器,由Zheng等人创建的自动编码器)和SCA(西蒙计数自动编码器)。 可以通过克隆存储库,按如下所述下载输入数据,然后运行脚本“ 0_runner_bashscripts \ analyse_all.sh”来运行完整的管道,该脚本将调用所有其他脚本进行预处理,降维和评估。 请注意,整个项目预计将需要很长的运行时间(在100核处理器上运行约几天)。 根据可用的计算能力,可以通过允许循环使用“&”并行运行,在\ cloned_dirctory \ 0_runner_bashscripts内的.sh文件中编辑并