结合自由能估算器2 结合自由能估算器(BFEE)是基于python的软件,可通过分子动力学模拟通过炼金术或几何学途径自动进行绝对结合自由能计算。 理论背景 蛋白质-配体(或宿主-客体)系统的自由度由一系列几何变量(或集合变量)描述。 在BFEE中,使用了基于最佳拟合旋转的广义几何变量,原则上使其可用于任何蛋白质-配体复合物。 有关这些变量的介绍,请参见。 在,通过一维自由能计算一一研究自由度。 在BFEE中,使用 ,而其他重要性采样算法(例如也是可以接受的。 是的变体。 一个热力学循环,其中配体和几何约束被独立解耦,以确保模拟的收敛。是标准结合自由能计算方法的中文介绍。 特征 生成所有输入文件以进行绝对束缚自由能计算; 自动执行后处理; 支持NAMD(炼金和几何路径)和Gromacs(几何路径)作为分子动力学引擎; 支持多种输入复杂结构的文件格式(PSF / PDB / PRM,PRM