单扩增基因组-组装工作流程示例(SAG-AWE) 该脚本旨在作为建议的工作流程,用于组装和分析从Illumina Hi- / Mi-Seq配对末端文库衍生的测序“单扩增基因组”。 用户可用的选项很少,并且大多数基础程序均设置为其默认值。 目的是一次生产100个SAG的快速粗糙且可重现的组件。 SAG组装工作流程示例图 根据您选择的选项,有四种组装数据的路径。 T(绿色)-饰边 TN(蓝色)-修整并归一化 TM(黄色)-修剪并合并 TNM(紫色)-修剪,标准化和合并 我们建议使用所有三个选项-t,-n和-m来产生“最佳”程序集,但是您的库制备/设计和测序结果可能在不同的选项下效果更好。 如果要进行比较,可以在同一输出目录中使用不同选项运行工作流。 红色箭头表示先前步骤中的数据要求 虚线箭头表示由MultiQC读取的报告 灰色箭头表示将来的添加。 用法/帮助示例 Single Ampl