ANGSD Assignments For Class:下一代测序数据的2021年Spring课程分析的所有作业源码

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该存储库包含2021年SpringWeill Cornell的下一代测序数据课程分析的所有作业第三周硬件:模式匹配和循环包含pdf和.Rmd文件。第四周硬件:

文件列表

ANGSD-Assignments-For-Class-master.zip (预估有个31文件)

ANGSD-Assignments-For-Class-master

Alignment QC

Alignment-QC.html 737KB

test 1B

Alignment QC.Rmd 4KB

Bulk RNA-seq analysis - DESeq2 objects

Bulk RNA-seq analysis - DESeq2 objects.Rmd 6KB

test 1B

Bulk-RNA-seq-analysis---DESeq2-objects.html 640KB

Creating an R Package

creating_an_R_package.Rmd 15KB

creating_an_R_package.html 633KB

RNA-seq Data Analysis 2

sashimi_plots.PNG 59KB

RNA-seq-Data-Analysis-2.html 788KB

test 1B

RNA-seq Data Analysis 2.Rmd 11KB

Wrangling scRNA-seq data in R using bioconductor packages.

Wrangling-scRNA-seq-data-in-R-using-bioconductor-packages.Rmd 8KB

test 1B

Wrangling-scRNA-seq-data-in-R-using-bioconductor-packages.html 774KB

Pattern Matching and For Loops

pattern_matching_and_for_loops.pdf 142KB

pattern_matching_and_for_loops.Rmd 9KB

Introduction to R

Introcution-to-R.html 618KB

Introcution to R.Rmd 2KB

Sequencing Data

sequencing_data.pdf 179KB

sequencing_data.Rmd 9KB

README.md 220B

Counting reads

Counting Reads.Rmd 9KB

featCounts_Gierlinski_genes_class.txt.summary 1KB

featCounts_Gierlinski_genes.txt.summary 1KB

Counting-Reads.html 701KB

test 1B

Sequencing Data QC and Preprocessing

Sequencing Data QC and Preprocessing.Rmd 12KB

Sequencing-Data-QC-and-Preprocessing.pdf 237KB

Aligning FASTQ reads and interpreting the output

Aligning FASTQ reads and interpreting the output.Rmd 28KB

Aligning-FASTQ-reads-and-interpreting-the-output.html 646KB

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