使用RNA序列的剪接位点强度估算版本0.1.6(2021年4月7日) SpliSER量化了整个基因组中剪接位点的利用。 为每个单独的站点生成一个拼接站点强度估计(SSE)。 SpliSER具有被连续跨越分析中使用三个命令:过程,组合和输出 过程 该处理命令生成一个文件,其中包含在RNA序列比对中观察到的每个剪接位点的SSE值(相关信息)。 您将需要在每个样本上运行一次此命令; 然后它会产生可被视为输入的结合命令.SpliSER.bed文件。 我需要处理哪个样品? 他们都是。 如果您在2个条件下有3个RNA-seq复制品,则需要为6个样品中的每个样品调用一次处理。 此步骤需要什么? 您将需要BAM格式的RNA-seq比对文件 每个BAM的随附BED文件。 您可能还需要GFF或GTF格式的生物注释文件(来自用于比对步骤的相同参考基因组)。 参数 process命令需要以下三个输入参