单片机裸机系统和多线程系统都是嵌入式系统的一种，但是它们在运行方式和实现方式上有着明显的不同。裸机系统是指没有操作系统的系统，它的所有资源都由程序员手动配置，程序运行时不需要进行系统调用。而多线程系统则是基于操作系统的，通过多任务管理器来管理各个任务的执行，任务之间通过线程进行通信。区别主要体现在系统开发难度、实时性、任务切换和灵活性等方面。裸机系统可以有效降低系统的开销，提高系统的运行性能，但它的开发难度也更高，而多线程系统则可以提高开发效率和可靠性，但在实时性方面相对裸机系统稍逊一筹。