Java EE在多层架构上，采用角色和权限控制来保证系统的安全性。在表示层方面，使用Session和验证码来防止用户密码被盗用。在业务处理方面，通过AOP和Spring Security来实现业务逻辑的安全性。研究表明这种方法可以有效地提高软件系统的安全性，减少各种安全漏洞的发生。