颜色分类leetcode Camelyon 2016数据集的深度学习管道 Weizhe Li, Weijie Chen

0 - 准备

0.1 搭建深度学习环境。

0.2 尽快安装及图片展示比较ASAP和OpenSlide：

  • ASAP 没有详细的手册来描述它的命令；

  • OpenSlide 有一个更好的命令文档。

  • ASAP 有一个GUI； OpenSlide 没有。

0.3 掩码文件生成

掩码文件是模型训练的基本依据。掩码文件与其对应的WSI图像具有完全相同的尺寸。掩码文件是一个二进制文件，对于WSI图像的每个相应像素，正常组织编码为“0”，肿瘤组织编码为“1”。

但是，主办方提供的代码具有误导性。代码从他们的论文中生成的掩码文件全是'0'；随后另一段代码建议生成的掩码文件只能通过ASAP GUI打开，而不是通过其命令行和OpenSlide。

耗时：

  • WSI和掩码文件：tumor_026

  • WSI和掩码文件：tumor_005

1 - 带注释的WSI可视化

  • 注释可视化

2 - 图像预处理

2.1 图像分割

为了减少计算，将排除载玻片上的空白区域（无组织）。