FiberNetworkWGCNA分析中的Fiber RNA seq数据处理
光纤网络使用Fiber RNA seq数据进行WGCNA分析。#目的 这组脚本接收RNA seq表达数据并从数据构建共表达网络。使用这些脚本时,您需要修改几行以使自定义代码生效。因此,这更是一个生成数据过程和代码记录,作为您自己分析的起点,而不是分发就绪的脚本集。每个脚本的简要细节在文件描述中提供,以下是操作的逻辑顺序:
-
Fiber_Norm_RPM.R:接收原始计数数据并输出标准化库及库大小。
-
WGCNA_construct.R:修剪基因集,生成co-expression对象并放入指定目录(可通过修改脚本调整)。
-
WGCNA_analysis.R:执行更高级别的分析,以可视化共表达网络之间的异同。