针对现有异常应用协议行为检测主要针对某种特定应用，缺乏通用性的问题，提出一种基于条件随机场的异常应用协议行为检测方法，从网络数据流中提取应用协议关键字及其时间间隔作为状态特征，同时考虑关键字的频率分布特征，应用条件随机场模型对协议行为进行建模，将偏离模型的协议行为判定为异常。相比于传统的基于隐马尔可夫模型建模方法，该方法不必对特征量作严格的独立性假设，具有能够融合多特征的优势。实验结果表明，该方法在检测协议异常时准确率高、误报率低。