煤炭水运配船属于多约束混合整数线性规划问题。当问题规模大、约束条件多时很难获得最优解，并且求解时间过长。针对上述问题，提出一种基于免疫克隆算法的求解方案。通过构建相应的数学模型，设计了基于二维矩阵的抗体表示形式和混合整数编码方式，构造了罚函数处理不等式约束。算法使用克隆、变异和抗体浓度抑制等免疫操作，保持了抗体的多样性，避免陷入局部最优。算法仿真表明，该算法在全局最优解和运行速度方面优于遗传算法，优化结果验证了算法的有效性。