针对干扰量测对水下小目标多基地量测融合的影响，提出了基于重采样的多基地量测融合算法。重采样的随机样本近似概率密度分布，经随机样本的融合，最终得到多基地等效量测。对算法进行了仿真验证和性能分析，干扰量测密度的增加导致融合精度的下降、运行时间的增加，栅格数目的增加导致融合精度的提高、运行时间的增加。并将算法用于实验数据处理。结果表明，相比于单基地声纳的观测，经基于重采样的量测融合算法求得的等效量测的均方根误差在统计意义上最小，为水下小目标的融合跟踪提供可靠的数据。