在远同源检测的蛋白质结构预测方法中,基于支持向量机的方法取得了优于其他方法的高准确性,但这类方法只能完成对目标蛋白质作出是否属于特定蛋白质结构的判别,而实际应用中常需要直接给出具体的结构预测结果。提出一种基于多类支持向量机的蛋白质结构预测方法,通过采用加权一对多的多类分类方法对标准支持向量机输出结果进行综合评价,获得唯一的结构预测结果;同时为了克服算法复杂性高的弱点,用并行计算的思想对算法进行了优化。实验表明,基于并行多类支持向量机的蛋白质结构预测取得了更高的准确性,并行化的处理提高了多类支持向量机分类器