将自然界的物种动态模型引入到遗传算法当中，反映出物种的真实进化状态，开发了基于演化设计的遗传算法。算法采用自适应策略克服了确定交叉和变异概率值的问题，利用小种群策略和最优保留策略保证了种群的多样性，改善了算法的寻优能力，进而提高了计算效率。运用该遗传算法求解分子对接优化模型，给出基于演化设计的分子对接程序。对接实例表明，算法能有效应用于分子对接问题中。