DomFun:使用蛋白质结构域和功能注释之间的关联进行蛋白质功能预测 源码
DomFun DomFun是使用系统方法将功能分配给未知蛋白质的新系统,而无需考虑其序列但其功能域与功能系统相关联。 它使用在蛋白质结构域和功能注释之间计算的关联作为训练数据集,并通过查找蛋白质的结构域以及它们是否已与功能注释(在GO分子功能,生物学过程,KEGG和Reactome途径术语中)相关联,对蛋白质进行预测(使用UniProt标识符)。 )。 安装 将此行添加到您的应用程序的Gemfile中: gem 'DomFun' 然后执行: $ bundle 或自己安装为: $ gem install DomFun 用法 要使用DomFun,有必要计算蛋白质结构域和功能注释之间的关联
文件列表
DomFun-master.zip
(预估有个33文件)
DomFun-master
.gitignore
113B
README.md
9KB
bin
generate_CAFA2_dataset.rb
3KB
console
341B
find_curated_proteins.rb
3KB
validate_ProtFunSys_predictions.rb
5KB
generate_CAFA3_dataset.rb
3KB
generate_CAFA2_tripartite_network.rb
3KB
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