graphdeconvolution:装配图中物种和菌株基因组混合物的反卷积 源码
装配图反卷积 用于使用时间序列丰度信息对包含应变混合物的反卷积装配图进行去卷积工作的存储库。 快速开始 假设您从一个包含成对的末端Illumina读取文件的目录开始,该文件的名称以通常的R?.fastq.gz结尾,则该软件可以按以下方式运行: export BBMAP=/path/to/bbmap export GDECONHOME=/path/to/this/repo find `pwd` -maxdepth 1 -name "*R1.fastq.gz" | sort > read1_files.txt find `pwd` -maxdepth 1 -name "*R2.fastq.gz"
文件列表
graphdeconvolution：装配图中物种和菌株基因组混合物的反卷积
(预估有个320文件)
cx1_read2sdbg_s2.cpp
37KB
unitig_graph.cpp
39KB
query_sdbg.cpp
7KB
sequence_manager.cpp
12KB
local_assembler.cpp
22KB
city.cpp
20KB
assembler.cpp
12KB
succinct_dbg.cpp
19KB
hash_graph.cpp
13KB
contig_graph.cpp
36KB
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