GraphSite GraphSite是一款基于深度学习的软件,可对蛋白质上的配体结合位点进行分类。它通过Pytorch和Pytorch-geometric实现。在训练期间,将结合位点动态转换为包含空间和化学特征的图形。然后在绑定袋的图形表示上训练定制的图形神经网络(GNN)分类器。下图说明了从装订袋(A)到图形(B)的转换: 如果您在工作中使用此仓库,请引用我们的论文:) Currently under peer review 数据集 该数据集由21,125个装订袋组成,这些装袋袋分为14类。有关类的详细信息,请参见。培训需要三个文件: clusters.yaml :训练数据,包含有关绑定站点的初始聚类信息的信息。训练之前,将多个集群合并为一个类。 dataset.tar.gz :训练数据,包含该项目中的所有绑定站点数据。 pops.tar.gz :训练数据,包含描述可访问表面