本文主要介绍了两条序列相似性的比较问题。我们首先从该问题的生物学动机入手，说明解决这一问题的实际应用意义 然后给出该问题的定义以及问题的分类。从第二节开始分别介绍和分析全局联配问题、局部联配问题、End space-fre alignment问题和空位处罚的算法。通过以上这些内容的介绍，揭示该问题（两条序列的相似性比较）算法的核心内容是 动态规划（Dynamic Programming）。