传统DEA模型假设特定时期的产出是通过消耗同一时期的投入产生的，这个潜在的假设不适用于某些绩效评价，即一个特定时期的产出不仅需要消耗该时期的投入，而且需要消耗之前多个时期的投入。为了更加客观地评价两阶段过程的效率值，构建了考虑中间变量产出时滞性的两阶段DEA模型，同时将其与Malmquist生产率指数相结合，寻求时间序列上的动态变化，从而找到效率变化的原因。并将提出的方法应用到中国30个省份创新效率的评价中，结果表明，考虑中间变量产出时滞性的模型排名更客观；创新效率不仅与研发阶段和经济转化阶段的效率密切相关，而且还受外部因素的影响。