颜色分类leetcode Metatranscriptome Workshop:元转录组学教程

颜色分类leetcode元转录组学实践实验室这项工作是根据. 这意味着您可以复制、共享和修改作品，只要结果是在同一许可下分发的。本教程由Mobolaji Adeolu, John Parkinson & Xuejian Xiong制作。概述：本教程将带您了解处理元转录组数据的管道。由帕金森实验室开发的管道包括以下步骤：

1. 删除在文库准备和测序步骤中添加的适配器序列，并修剪低质量的碱基和测序读数。

2. 删除重复读取以减少以下步骤的处理时间。

3. 去除载体污染（来自克隆载体、spike-ins和引物的读数）。

4. 删除宿主读数（如果探索宿主存在问题的微生物组）。

5. 尽管使用了rRNA去除试剂盒，但去除了通常在元转录组数据集中占主导地位的丰富rRNA序列。

6. 将在步骤2中删除的重复读取添加回数据集以提高程序集的质量。

7. 将读取分类到已知的分类组并可视化数据集的分类组成。

8. 将读取组装到重叠群中以提高注释质量。

9. 注释读取已知基因。

10. 将识别的基因映射到swiss-prot数据库以识别酶功能。

11. 生成与每个基因相关的标准化表达值。

12. 在Cytoscape中使用KEG以进一步可视化数据。